Além da obrigatoriedade da instalação dos medidores de vazão para controle da produção pela Receita Federal, as indústrias de bebidas poderão ter que enfrentar também a Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional (PGFN). Segundo o procurador da Fazenda Cláudio Xavier Seefelder Filho, a decisão do Supremo Tribunal Federal (STF) que manteve fechada a indústria de cigarros American Virginia poderá ser usada como precedente para fechar ou manter fechadas empresas do setor de bebidas que forem inadimplentes contumazes de tributos federais - mas, até agora, não há nenhum caso. "Assim como ocorre com as fabricantes de cigarros, essas empresas fabricam produto nocivo à saúde e precisam de registro especial para funcionar", afirma Seefelder.
Os pequenos e médios fabricantes de refrigerantes pedem ao governo o mesmo tipo de alteração do sistema de tributação, que é reclamado pelas empresas de porte menor do setor de cigarros. Em 2006, a Associação dos Fabricantes de Refrigerantes do Brasil (Afrebras) levou ao Congresso Nacional e à Receita Federal um estudo elaborado pelo Instituto Brasileiro de Planejamento Tributário (IBPT) que demonstra que a carga tributária das pequenas e médias empresas de bebidas é 12% maior do que a das grandes empresas do setor. Assim, apesar de o preço de venda dos produtos das grandes empresas e das pequenas e médias ser bem diferente, a alíquota do Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI) que incide sobre a mercadoria é a mesma.